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La reproducción sexual ocurre en la mayoría de los hongos; en algunos se unen dos células (gametos) de tamaño y apariencia similar produciendo un cigoto. En otros, los gametos son de diferente tamaño y el cigoto que forma se denomina oospora (ej.: Phytophthora). En algunos hongos no se producen gametos definidos, pero un micelio definido puede unirse con otro micelio compatible, formando una cigospora (ej.: Rhizopus).

En los Ascomycota, las esporas sexuales generalmente en número de ocho, se producen en una célula cigoto denominada asco de donde deriva la palabra Ascosisto y las esporas producidas se denominan ascoporas. Los ascos pueden producirse en cuerpos fructíferos como los cleistotecios (ascocarpo cerrado sin ostiolo), peritecios (ascocarpo cerrado provisto de ostiolo) y apotecios (ascocarpo abierto en forma de platillo), o bien, en forma libre como en el género Taphrina.

En Basidiomycota, las esporas sexuales se producen sobre la parte externa de la célula cigoto llamada basidia y las esporas se denominan basidiosporas.

A continuación se explican algunas fructificaciones de los Basidiomycota:

Picnio: Fructificación haploide de los Uredinales de forma similar al picnidio; también llamado Espermogonio, que produce Espermacios o Picniosporas, las cuales son mononucleadas.

Teleutosoro: Fructificación de los Uredinales que produce teleutosporas, que son esporas de reposo o invernantes de estos hongos y de los Ustilaginales.

Uredosoro: fructificación de los Uredinales que produce uredosporas que son esporas vegetativas de repetición (esporas de verano) que generalmente se producen de un micelio dicariótico. También existen las uredosporas de reposo que son producidas por algunos polvillos, éstas se denominan Anfisporas.

Ecidio: Cuerpo fructífero de los Uredinales que produce Ecidiosporas que son esporas vegetativas unicelulares no de repetición, usualmente resultantes de la dicariotización que germinan y originan un micelio dicariótico.

Otras estructuras características de algunos hongos son:

Esclerocios: masa de hifas con o sin adición de tejido del hospedante o suelo, normalmente carente de esporas y que pueden originar un cuerpo fructífero (ej.: Claviceps purpurea) o un micelio. Cumplen la función de cuerpo de resistencia.

Estroma: aglomeración compacta de hifas, a manera de colchón, en la que se forman fructificaciones del hongo, ya sea en su superficie o dentro de cavidades especiales.

Rizomorfos: ases de hifas de mayor diámetro que los sinemas y presentan una mayor diferenciación (las células externas son más resistentes y constituyen una eficaz protección a las interiores que sirven para el almacenaje y transporte de nutrientes), pueden alcanzar varios metros de longitud.

Apresorio: órgano de fijación.

Haustorio: rama especializada de una hifa que se desarrolla intracelularmente y que le sirve al hongo para obtener sus nutrientes por absorción.

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