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Bioinformática

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Genómica
Genoma
Bioinformática
Genómica estructural
Glicómica
Metabolómica
Proteómica
Proyecto Genoma Humano
Sistemas biológicos
Glosario relacionado
con genoma

Bioinformática es la aplicación de las matemáticas y de las técnicas informáticas en el procesamiento de datos experimentales para comprender los problemas biológicos, normalmente creando o usando programas informáticos, modelos matemáticos o ambos. Una de las principales aplicaciones de la bioinformática es la simulación, la minería de datos (data mining) y el análisis de los datos obtenidos en los proyectos genoma (Proyecto Genoma Humano) o el proteoma. Otras aplicaciones son el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras proteicas y las redes metabólicas.

Una definición mucho más global es:

Bioinformática es la aplicación del desarrollo de la computación y las matemáticas que permite la administración, análisis y comprensión de datos para resolver preguntas biológicas. (con conexiones a medi-, quimio-, neuro-, etc. informática). Modificado de: Center for Research on Innovation and Competition (Harvey & Mc. Meekin, 2002).

Dos escuelas, la de EE.UU. y la del Reino Unido con Australia le dan diferentes coberturas al término.

  • Para los estadounidenses la bioinformática se enmarca dentro de lo mencionado en el párrafo anterior.
  • Para los británicos la bioinformática se extiende al estudio de cualquier tipo de dato obtenido de entidades biológicas independientemente de la escala de estudio, desde moléculas hasta paisaje, ecosistemas, etc.

La bioinformática se nutre especialmente de dos grandes áreas del conocimiento, las ciencias biológicas y las ciencias de la computación, dado este origen existen dos grandes líneas de trabajo: La primera en la cuál las ciencias de la computación utilizan modelos de las biológicas, ejemplo de ello lo constituyen las redes neurales, los algoritmos genéticos, computación con DNA, entre otras. La segunda en la cuál las ciencias biológicas utilizan modelos y herramientas de las ciencias de la computación, como se menciona en el primer párrafo.


Bases de datosEditar sección

Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia, estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias, que contienen datos e hipótesis derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones, relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en enfermedades, etc.

De nucleótidosEditar sección

La colaboración de las tres bases de datos más importantes hace posible acceder a casi toda la información de secuencias de ADN desde cualquiera de sus tres sedes:

De proteínasEditar sección

Bases de datos de secuencias de aminoácidos.

  • Swissprot contiene secuencias anotadas o comentadas, es decir, cada secuencia ha sido revisada, documentada y enlazada a otras bases de datos.
  • TrEMBL por Translation of EMBL Nucleotide Sequence Database incluye la traducción de todas las secuencias codificantes derivadas del (EMBL-BANK) y que todavía no han podido ser anotadas en Swissprot.
  • PIR por Protein Information Resource está dividida en cuatro sub-bases que tienen un nivel de anotación decreciente.
    • Enlace externo: PIR
  • ENZYME enlaza la clasificación de actividades enyimáticas completa a las secuencias de Swissprot.
  • PROSITE contiene información sobre la estructura secundaria de proteínas, familias, dominios, etc.
  • INTERPRO integra la información de diversas bases de datos de estructura secundaria como PROSITE, proporcionando enlaces a otras bases de datos e información más extensa.
  • PDB por Protein Data Bank es la base de datos de estructura terciaria 3-D de proteínas que han sido cristalizadas.
    • Enlace externo: PDB

De genomasEditar sección

  • Ensembl integra genomas eucariotas grandes, por el momemto contiene genoma humano, ratón, rata, fugu, zebrafish, mosquito, Drosophila, C. elegans, y C. briggsae.
  • Genomes server y TIGR son portales con información o enlaces de todos los genomas secuenciados por el momento, desde virus a humanos.
  • Wormbase es el portal del genoma de gusano C. elegans.
  • Flybase es el portal de la mosca del vinagre Drosophila melanogaster.

OtrasEditar sección

  • Taxonomy es el portal de clasificación taxonómica de organismos
  • Pubmed da acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM), con enlaces a artículos completos
  • OMIM por Online Mendelian Inheritance in Man es un catálogo de genes humanos relacionados con informaciones genéticas.
    • Enlace externo: OMIM
  • Xenobase es el portal del organismo modelo Xenopus laevis
    • Enlace externo: [1]

Bibliografía complementariaEditar sección

  • Rafael Lahoz-Beltrá. Bioinformatica: Simulación, Vida Artificial, Inteligencia Artificial, 2004. ISBN: 84-7978-645-0. [2]

Véase tambiénEditar sección

Enlaces externos Editar sección

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