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El Sistema excretor son los tubos de Malpighi son alrededor de 100 tubitos que se unen en el intestino delgado formando el principal órgano de excreción de la abeja. En su parte distal están obturados y sus paredes se componen de una simple capa celular. A través de las mismas los desechos nitrogenados son absorbidos de la sangre y vertidos al intestino medio. La infección que produce la Malpighamoeba mellificae, causante de la amebiasis, se radica en dichos tubos.

Llevan el nombre en honor de Marcelo Malpighi, su descubridor.

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